治療必須從速。潰瘍階段，真菌高度生長繁殖，應優(yōu)選對真菌敏感的藥物。由于真菌常潛伏于角膜組織內，十分頑固，要求藥物與潰瘍面保持連續(xù)性的接觸，使藥物在深部組織達到足夠濃度，才能消滅或抑制真菌的活動。到目前為止，用來治療真菌性角膜潰瘍的藥物尚不夠理想。對于藥物治療無效的病例，尚須進行手術。

常用的抗真菌藥物有以下幾種。

1.兩性霉素B(amphotericin B)是目前國內外常用的抗真菌藥物。近年來上海等地已有國產供應。配制眼藥水濃度為0.2%，眼膏為1%。我院治療40余例，見效率為50～60%。

2.汞劑 0.1%柳硫汞(merthiotate,thimerosal)或0.01%硝基本苯汞(phenyl mercuric nitrate)有一定效果。我院治療過20例早期輕型病例，見效率為70%左右。

3.大蒜(allium salivum)　對真菌亦有一定療效。我們用0.1%眼藥水，治療數(shù)例，獲得治好，但對眼部刺激性大，患者往往不愿接受治療。

其它藥物尚有30%磺胺醋酰鈉藥水(sulfacetamide)，1～2%碘化鉀藥水(potarsimu iodide)、50，000單位/毫升制霉菌素藥水(mystatin,mycostatin)。

近年來，報導了一些新的抗真菌藥物。如曲古霉素(tricomycin)、匹馬霉素(pimaricin)、克霉唑(clotrimazole)等等，但由于致病菌種和治療方法的不同，對以上藥物臨床效果的評價頗不一致。

1973年春中國科學院上海藥物研究所發(fā)現(xiàn)了一種新的抗真菌抗生素，定名為金褐霉素(aureofuscin)。經體外試驗及動脈實驗證明，具有廣譜抗真菌作用。配制眼藥水濃度為0.1%，每半小時快速;眼膏濃度為1%，每2小時快速。經我院長期臨床試用，治療300余例，見效率為75～80%，見效率可達90%以上，為目前比較有效的抗真菌藥物，可能推廣使用。

本病常伴有嚴重的虹膜炎反應，必須用阿托品充分擴大瞳孔。皮質激素類藥物對潰瘍有擴散作用，無論局部與全身皆不宜使用。

潰瘍穿孔或后彈力層膨出病例，結膜囊置入金褐毒素眼膏或二性霉素B眼膏后，應用繃帶加壓包扎，以促進潰瘍愈合。

藥物治療失敗的病例，可進行結膜瓣遮蓋術或穿透角膜移植術。在角膜穿透性移植時，潰瘍及其臨近的不健康組織必須全部清除，如果留有感染的角膜，反而可使炎癥加速擴展。